保證反滲透純水設備正常運行和出水品質的重要核心條件就是反滲透系統，那么我們該如何保證反滲透設備能夠正常的運行呢？當我們在使用反滲透純水設備的時候，應注意進水SDI超標、有機物降除率低、預處理加藥等一系列問題。在反滲透設備中出現SDI超標的現象，主要是因為過濾效果差、截止濾料品質選擇、裝填量不合格、過濾器的周期反洗擦洗時間控制不合理等原因造成的。而且由于工程設計的選擇失誤而造成污染指數不合格的現象也是非常常見的，解決的方法就是將預處理系統進行改造；對于PH值超過8的原水水源，過量添加絮凝劑會導致無機膠體的產生，也會導致SDI超標。
針對有機物的降除率低的問題，我們可以采取完善預處理工藝，提升系統將COD的措施，嘗試更換其他非氧化殺菌劑來進行COD的殺除，當活性炭過濾器的濾料在吸附COD達到飽滿時，應及時進行更換或者是再生操作。
在反滲透設備的預處理加藥問題上，需要在殺菌劑的投加、絮凝劑和助凝劑的投加、還原劑的投加等問題上加以注意。對于存在于原水中的有機物和微生物，一般情況下都會采取加入氧化性介質的方式來進行殺除。對于有些地標性水源，若是長期投加上述物質，就會發現生物產生抗藥性而導致反滲透純水設備的殺菌效果很不理想。目前，非氧化性殺菌劑殺除的效果更為持久，而且還節省了后續還原劑的投加費用。原水的濁度、PH值、鐵離子的含量以及后續反滲透設備中添加的藥品品種等因素決定了絮凝劑和助凝劑的加藥品種和加藥量。而且加藥量一定要具有
在投加還原劑的時候，還需要考慮還原效果的徹底性，同時還需要考慮過度投加后是否會產生細菌污染，除此之外，反滲透設備還可能會出現產水量下降快、保安過濾器濾芯周期短等問題。因此，為確保反滲透純水設備的正常運行，以上問題是必須要注意的。
